Cjelokupno rješenje mikrobiološkog laboratorija razlikuje se od općeg laboratorijskog inženjeringa ili inženjeringa pročišćavanja prema sigurnosnim zahtjevima i zahtjevima uporabe laboratorija.Laboratoriji koji se uglavnom koriste u mikrobiologiji, biomedicini, biokemiji, pokusima na životinjama, genetskoj rekombinaciji i biološkim proizvodima zajednički se nazivaju laboratoriji za biološku sigurnost.Laboratorij za biološku sigurnost sastoji se od glavnog laboratorija te drugih laboratorija i pomoćnih prostorija.Laboratoriji za biološku sigurnost moraju osigurati osobnu sigurnost, sigurnost okoliša, sigurnost otpada i sigurnost uzoraka, dugotrajan i siguran rad, a istovremeno osigurati ugodno i dobro radno okruženje za laboratorijsko osoblje.
Mikrobiološki laboratorij ima lokalnu prostoriju za ispitivanje bakterija na 100 razina, sobu za ispitivanje gljivica, sobu za patogeno testiranje, prostoriju za pranje i dezinfekciju, prostoriju za kulturu plijesni, sobu za bakterijsku kulturu i sobu za identifikaciju instrumenata mikroorganizama, pripremu medija za kulturu soba, soba za čuvanje soja.
